「馬祖初級中學」，校址設於南竿鄉介壽村(今介壽國民中小學現址)。時為馬祖地區最高學府，每年僅招收一班學生，肩負培育「馬祖文化」的時代使命。迨至民國57年為響應政府推動九年國民義務教育，及因應四鄉五島普設國中以滿足學生在地升學之需求，乃於同年升格改制為「福建省立馬祖高級中學」，並附設國中部。

民國65年，配合地區實施「精校」政策，奉令將國中部撥交介壽國民中小學，本校專辦高中，並遷校於介壽村濱海處現址(原「介壽中心國民小學」)，使地區中等教育制度臻於完備。民國71年，為培育馬祖漁農經建人才，首創附設職業實驗班(魚撈及養殖兩科)。民國73年，改隸中央，更名為「國立馬祖高級中學」，於馬祖地區教育史上寫下嶄新的一頁。

民國89年，本校突破舊制、積極轉型，改制為「綜合高中」。開設自然、社會、商業服務、資訊應用、漁業及養殖等六個學程，提供學生適才適所的多元選擇。同時，自90學年度開始，併入臺灣桃園區對臺灣本島進行招生，以擴大學生來源。現有學生來自兩岸三地，學生總數也已增至三百餘人，並朝向馬祖社區高中及臺灣海外住宿學校之特色目標，以期永續經營發展。

自民國94年至100年由於政府鼎力支持，挹注總經費超過五億五仟萬元於校園整建工程，使本校校舍、環境景觀及各項教學軟硬體設施煥然一新。民國95年榮獲教育部評選為全國優等綜合高中，同年入選為教育部推動優質化高中專案計劃中之重點學校，並連續三年專款補助，除陸續購置現代化教學器材與設備以充實學生學習資源，並辦理各種教師研習促進教師專業知能發展，全面提昇教學品質，使本校躋身優質高中之列。

 半世紀以來，本校培育了超過4500位校友，無論升學、就業，在各領域均有傑出表現。而畢業校友本著愛鄉愛土的情懷，將所知所學貢獻於地區，使馬祖從荒蕪落後的漁村，轉型為藝文觀光活耀的海上明珠。馬祖孕育了馬中的生命，馬中創造了馬祖的未來。殷盼各界繼續給予關懷與支持，也期勉馬中大家庭的每一份子，戮力同心，繼往開來，以開創馬祖新願景。